肥料の効き方の違いとして、化学肥料は即効性が高いものが多いですが、有機質肥料は土壌中の微生物に分解されてから成分を供給するため、施肥から成分が効くまでのタイムラグが発生します。

また、アミノ酸が含まれているのも特徴であり、主に海藻や魚介を原料とした肥料では、作物の味に旨味や奥深さを加えることができます。

副次的な効果として、単なる成分の供給だけでなく、有機物が微生物の餌となることで、土壌の団粒構造の形成にも役立つことが、化学肥料との違いとして挙げられます。